Truyện được viết về hiện tại xen kẽ với quá khứ. Khi hiện tại đau buồn nhất, cũng là lúc những nhân vật chính của truyện hồi tưởng lại những giây phút ngây thơ và hồn nhiên nhất của tuổi ấu thơ, những cuộc tình thật thơ mộng và lãng mạn của tuổi học trò, những cuộc sống thanh bình, êm đềm dưới mái ấm gia đình mà chiến tranh đã cướp mất đi một cách tàn nhẫn. Sa mạc tuổi trẻ xoay quanh cuộc đời ba đàn anh băng du đãng là Long đất, Lê Hùng và Lâm đào già. Truyện bộc lộ những ảnh hưởng và tác hại của chiến tranh qua những bi kịch trong cuộc đời của mỗi người. Chiến tranh đã biến những người trẻ tuổi với những lý tưởng đẹp và tương lai sáng sủa nhất, thành những người bị xem là thối nát và thấp hèn nhất của xã hội.
Ngày xưa, khi còn ở tuổi học trò, Long đất và Nhi đã yêu nhau tha thiết. Ngày nào hai người cũng hẹn nhau dưới gốc cây đường Trần Tế Xương, dạo bộ ra bờ sông trò chuyện và tâm sự. Nhưng khi chiến tranh xảy ra, anh trai của Nhi bị giặc phanh thây thành bốn, năm khúc. Sau khi ba Nhi đi nhận xác đứa con trai duy nhất về, ông bị chấn động mạnh và phát điên, cuối cùng đã tự kết liễu đời mình với một lưỡi dao cạo. Mẹ Nhi trở bệnh nặng, buộc Nhi phải bỏ học để kiếm tiền mua thuốc cho mẹ. Nhi dọn nhà đi nơi khác. Cuối cùng, hoàn cảnh đưa Nhi vào bước đường cùng, biến cô thành một vũ nữ…